77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_R0039 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 83 bp  67.9  0.0000000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.000953822  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0043  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000409272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0044  tRNA-OTHER  100 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.450605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1788  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.309259  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4002  hypothetical protein  100 
 
 		 417 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000224316  normal  0.661672 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0011  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.63877 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000432662  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0014  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.274126 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0004  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000420455  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0030  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0044  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000971142  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0045  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000122945  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0015  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0057  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000366309  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt12  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0059  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0061  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000343038  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0066  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000102831  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0067  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000113297  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0071  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000142441  normal  0.199865 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0076  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0077  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0002  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.180392  normal  0.0634125 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t071  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000662467  normal  0.0211471 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0024  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0045  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000264513  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t043  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0084  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0085  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000347265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0092  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000118641  hitchhiker  0.00000124407 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0084  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000189086  normal  0.285336 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t036  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t035  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0085  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00198738  normal  0.283647 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0098  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00669623  hitchhiker  0.0018362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0081  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000027716  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0082  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000302516  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0089  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000116077  normal  0.0210623 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t01  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0056  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000431173  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0016  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.460002  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0040  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t066  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000841762  hitchhiker  0.00000000876974 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t065  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000716736  hitchhiker  0.00000000861256 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0047  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0065  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239453  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_R0081  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0029  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49401  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2244  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2330  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00540389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.112636 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0049  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0034  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00470609  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0049  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0049  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000776384 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0048  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.326057  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0036  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423959 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna29  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181713  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>