48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PGt12 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PGt12  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0005  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0016  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.460002  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0049  tRNA-Leu  86.05 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000237414  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000111621  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000584609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1274  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000352128  hitchhiker  0.000541618 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000361603  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5037  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000374172  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4669  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.9786200000000003e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0980  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000163209  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2105  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000470601  hitchhiker  1.53435e-16 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2157  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00076268  hitchhiker  0.000000000132078 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2098  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000256224  hitchhiker  0.00730061 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1178  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100662  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1301  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000334703  hitchhiker  0.000000433032 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2681  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000136258  normal  0.046213 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.000953822  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu01  tRNA-Leu  95 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0057  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1788  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.309259  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0035  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.022075 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0039  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0048  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.326057  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0040  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0858293  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0049  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0052  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0050  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0866765  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0057  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0046  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0033  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0033  tRNA-Leu  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.37116 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0024  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0937559  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0029  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49401  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0086  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.115514  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0041  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.112636 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>