126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0040 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0040  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0858293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0088  tRNA-Leu  90.67 
 
 		 86 bp  93.7  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0057  tRNA-Leu  89.61 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.022075 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0022  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000621595  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0036  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu01  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0020  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0001  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.761083  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNALeuVIMSS1309198  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.439755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0786  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.343405  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0024  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000298281  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0075  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000629352  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000637838  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0596776  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0011  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0033  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0029  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00602273  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0178  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0008  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0013  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000293316  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0057  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0013  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000427747  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0057  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.583439  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0039  tRNA-Leu  84.21 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000720687 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0020  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.020101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0015  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0046  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2169  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00848562  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07695  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0028  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.385004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0005  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0028  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.249535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0020  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000445205  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0005  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.202243  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0051  tRNA-Leu  83.56 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0016  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000907276  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt12  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5693  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000772735  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5727  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000902982  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00102421  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000281686  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.556513  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-7  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000595442  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000721047  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000205761  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0014  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0041  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000754212  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000609501  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0077  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0103  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.937736  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0079  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0019  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0047  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00091084  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0031  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0058  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000059003  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0023  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0106967  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0099  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000225744  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0134  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000233042  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4277  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111824  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0069  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00338367  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3989  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000460311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0023  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0238053  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0103  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000553911  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0138  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00946878  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0051  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00811518  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0022  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.106593  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0100  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00161932  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0859  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000493478  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5029  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000533026  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5638  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.114187  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5731  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000102685  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5814  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000499245  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0217  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000698181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4572  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000682737  normal  0.11126 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0784  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.40314e-31 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4998  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0029  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0026  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0034  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.670287  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0063  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.381313  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0003  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.425813  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0035  tRNA-Leu  87.23 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2315  tRNA-Leu  87.23 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0679  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2790  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000401538  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2793  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000950853  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2796  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000297688  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.496608  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>