270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_4277 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_4277  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111824  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3989  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000460311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00811518  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0019  tRNA-Leu  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.369555  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0018  tRNA-Leu  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.296928  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0078  tRNA-Leu  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0071  tRNA-Leu  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.64652  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3481  tRNA-Leu  96.63 
 
 		 89 bp  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.241057  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3660  tRNA-Leu  96.63 
 
 		 89 bp  153  8e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0342114  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3470  tRNA-Leu  96.63 
 
 		 89 bp  153  8e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00513731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4496  tRNA-Leu  96.63 
 
 		 89 bp  153  8e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00806213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3551  tRNA-Leu  96.63 
 
 		 89 bp  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3481  tRNA-Leu  96.63 
 
 		 89 bp  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4701  tRNA-Leu  96.63 
 
 		 89 bp  153  8e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000616666  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3649  tRNA-Leu  96.63 
 
 		 89 bp  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3587  tRNA-Leu  96.63 
 
 		 89 bp  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.453688  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00058  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.293441  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0010  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410025  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5072  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000520026  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0012  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313153 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0082  tRNA-Leu  91.46 
 
 		 87 bp  107  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000269162  normal  0.128864 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0025  tRNA-Leu  91.46 
 
 		 87 bp  107  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116004  normal  0.383928 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0051  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  7e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0634  tRNA-Leu  89.53 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.323401  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5466  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138574  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0065  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60360  tRNA-Leu  97.83 
 
 		 83 bp  83.8  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62800  tRNA-Leu  97.83 
 
 		 83 bp  83.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t57  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205972  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA64  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.775663 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R18  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104316  normal  0.0469264 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0097  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0095  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0004  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0990268 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t72  tRNA-Leu  93.88 
 
 		 83 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0449352  hitchhiker  0.00732029 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0002  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 84 bp  73.8  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0528002  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt50  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.916446 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0017  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00691517 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0035  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.671862 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0019  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2149  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2227  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu04  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.353437  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1282  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.585329  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0033  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.735021  normal  0.235069 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0028  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.179122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0025  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0022  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0016  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000443572  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0017  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000000544187  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0011  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0552759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0052  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0047  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000230626  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.214962  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0122  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000181545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0123  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0014  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0041  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0038  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.544461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0029  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  92.68 
 
 		 98 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0074  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0041  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.135898  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03461  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0132208  normal  0.375056 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1805  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1064  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0068  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000344448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0035  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0731523  normal  0.959271 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0030  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0008  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0100798  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1434  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.354876  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0007  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000213496 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0022  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0412  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.56087  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1298  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.199566  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1060  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00148501  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_R0084  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0386736 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1149  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.416978  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0020  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.012052 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0024  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000365355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0738  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0135197  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0062  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000332284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0022  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.17393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0010  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000141712  hitchhiker  0.00444268 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0068  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000000144281  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0079  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0546464 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0066  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000299649  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0076  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.445287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1289  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0645  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.481512  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0068  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000478917  normal  0.0818589 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>