109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0051 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t29  tRNA-Leu  98.84 
 
 		 86 bp  163  9e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148867  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0019  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 89 bp  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.800017  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0008  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 89 bp  141  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0020  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 89 bp  133  7.999999999999999e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0015  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 89 bp  133  7.999999999999999e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0020  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 89 bp  125  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.020101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0016  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000907276  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0679  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2790  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000401538  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2793  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000950853  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2796  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000297688  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0677  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2476  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00963424  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2479  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100128  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2482  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00028015  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1577  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1612  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0075  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000629352  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0022  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000036656  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0034  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00470609  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0024  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.847907  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0047  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00091084  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0071  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.914369  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0024  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000298281  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0024  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000000016794  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0040  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0077  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0020  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391016  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0026  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0025  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0001  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0044  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1633  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.372837  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1372  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0025  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0060  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.118577 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0037  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4571  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0933967  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0019  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0040  tRNA-Leu  83.56 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0858293  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000637838  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0596776  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0018  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.167819  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0043  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0027  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.319265  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2169  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00848562  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0029  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00602273  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0178  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0080  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309090  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309141  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.616897  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309164  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0013  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000293316  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0057  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0013  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000427747  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0057  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.583439  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0022  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000621595  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0036  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0017  tRNA-Leu  90 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0052  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0011  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0005  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.570293  normal  0.011385 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0028  tRNA-Leu  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.385004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0004  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.589228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0035  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2315  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0023  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0030  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0038  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0057  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0404485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0025  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000676753  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0025  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.191845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2244  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0041  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0554879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0031  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0527771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2330  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00540389  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07707  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.650845  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0021  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0035  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0116121 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>