77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_R0028 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.249535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0026  tRNA-Leu  95.74 
 
 		 89 bp  77.8  0.0000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000397125  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0044  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0044  tRNA-Leu  84.88 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0014  tRNA-Leu  83.72 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0041  tRNA-Leu  83.72 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0160  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0258592  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0544  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1619  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0724475  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0048  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.496608  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0019  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0047  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137479 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0040  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0858293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0047  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.343405  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0095  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0004  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0990268 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0030  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.10172  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0046  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1054  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0011771  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0037  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t72  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0449352  hitchhiker  0.00732029 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0097  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R18  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104316  normal  0.0469264 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0946  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA64  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.775663 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0039  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t57  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205972  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0012  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313153 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3470  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00513731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3660  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0342114  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0017  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00691517 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3551  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3587  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.453688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3481  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3481  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.241057  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3649  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4496  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00806213  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0010  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410025  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0035  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.671862 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60360  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0071  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.64652  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0078  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0025  tRNA-Leu  83.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0051  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5072  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000520026  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00058  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.293441  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0046  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0026  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.44875e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0013  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338637  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0072  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62800  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0065  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4701  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000616666  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5466  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138574  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0004  tRNA-Leu  83.15 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0025  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116004  normal  0.383928 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  96.3 
 
 		 98 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0003  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.022075 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0024  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.622642  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0082  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000269162  normal  0.128864 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0013  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.979031  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0038  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224003 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00179393  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0003  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.579684  normal  0.318502 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0018  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000445205  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0041  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000226044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>