121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0028 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 81 bp  75.8  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0013  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0026  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0022  tRNA-Leu  86.05 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000969844  normal  0.805987 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0051  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0246748  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0022  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0049  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000350278 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0007  tRNA-Leu  88.52 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309276  tRNA-Leu  88.52 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0041  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0554879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0058  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41320  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73657  normal  0.390973 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3504  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1859  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0047  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R53  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9371 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 81 bp  60  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60230  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0068  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000622539  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.0000965884  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t52  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.329875  normal  0.0339044 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10010  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.592276  normal  0.477324 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0057  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.811413  hitchhiker  0.000421816 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0065  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.401468  normal  0.0428865 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0042  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.13474 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0032  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  86.44 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0017  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.137168  normal  0.352813 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0049  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.273052  hitchhiker  0.00863967 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0055  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.796576  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0014  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  0.6782 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  82.35 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0042  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105612  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0050  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00212894 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0128  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00106969  normal  0.52847 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0130  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584266  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0133  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000286761  normal  0.279281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0120  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00172985  normal  0.187402 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0127  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000102689  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0014  tRNA-Leu  90 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20516  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137479 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1580  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1615  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.622416 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0544  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1619  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0724475  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07705  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  86.54 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0020  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000445205  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  86.54 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0014  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0005  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>