240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_R0097 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_RNA64  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.775663 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R18  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104316  normal  0.0469264 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0097  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0095  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0990268 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t72  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0449352  hitchhiker  0.00732029 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t57  tRNA-Leu  97.67 
 
 		 86 bp  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205972  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0065  tRNA-Leu  94.19 
 
 		 86 bp  131  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5466  tRNA-Leu  94.19 
 
 		 88 bp  131  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138574  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60360  tRNA-Leu  93.98 
 
 		 83 bp  125  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62800  tRNA-Leu  93.98 
 
 		 83 bp  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00058  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.293441  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0010  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410025  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3481  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 89 bp  93.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.241057  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3470  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 89 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00513731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0012  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313153 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3660  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 89 bp  93.7  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0342114  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5072  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000520026  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4701  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 89 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000616666  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3551  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 89 bp  93.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3587  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 89 bp  93.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.453688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3481  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 89 bp  93.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4496  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 89 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00806213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3649  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 89 bp  93.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0071  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.64652  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0078  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0082  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000269162  normal  0.128864 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0025  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116004  normal  0.383928 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0018  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.296928  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0051  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00811518  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0019  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.369555  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3989  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 89 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000460311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4277  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 89 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111824  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0634  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.323401  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0041  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000226044  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0051  tRNA-Leu  86.84 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t021  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0946  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0035  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.671862 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1054  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0011771  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0017  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00691517 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0039  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000274538  hitchhiker  0.00010396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0040  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000655039  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0038  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00110731  hitchhiker  0.0000326076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0035  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.114161  normal  0.133958 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0019  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0002  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0528002  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0013  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338637  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0072  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0030  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.10172  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt50  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.916446 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  100 
 
 		 98 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.639768  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.806101  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0026  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000599691  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0029  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0098  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000435377  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0122  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000473175  decreased coverage  0.0000892077 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0028  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.179122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0113  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000302101  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0422651  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0016  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127498 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0014  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0041  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0016  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000443572  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0033  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0352979  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0105  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000142403  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0003  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277294  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t016  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000211867  unclonable  0.00000000000316935 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224003 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0028  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.249535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0160  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0258592  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2149  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu04  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.353437  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2227  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1282  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.585329  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0029  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0046  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0049  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0017  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000000544187  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0024  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.622642  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0009  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0011  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0552759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0052  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0146  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000070771  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0001  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0053  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406818  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0026  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.7809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0068  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>