198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_R0040 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_t021  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000274538  hitchhiker  0.00010396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0040  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000655039  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00110731  hitchhiker  0.0000326076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.114161  normal  0.133958 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0033  tRNA-Leu  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0352979  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0041  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000226044  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0122  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000473175  decreased coverage  0.0000892077 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0105  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000142403  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0098  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000435377  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0113  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000302101  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t016  tRNA-Leu  96.51 
 
 		 87 bp  147  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000211867  unclonable  0.00000000000316935 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  90.16 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t72  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0449352  hitchhiker  0.00732029 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t57  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205972  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA64  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.775663 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R18  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104316  normal  0.0469264 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0097  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0004  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0990268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0095  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0025  tRNA-Leu  84.93 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116004  normal  0.383928 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0082  tRNA-Leu  84.93 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000269162  normal  0.128864 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0634  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.323401  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0030  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.10172  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0023  tRNA-Leu  84 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0030  tRNA-Leu  84 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0044  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0022  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000036656  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0001  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0003  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0018  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0115557  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0001  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133172  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0003  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.130839  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0044  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0004  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0057  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000529794  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0022  tRNA-Leu  84 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.964381  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0074  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000023542  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0029  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000126446  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0055  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000856484  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00069  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000211563  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0081  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0210398  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000511296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000230562  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5234  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000900844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000052486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000096251  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000625029  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0039  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000704733  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000390676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000584186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4321  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000341532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4876  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000008654  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5882  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.119438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4967  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000670615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0050  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0866765  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0010  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410025  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t19  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t20  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.178087  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4338  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162299  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0527  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000711336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0031  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362907  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0014  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0110996  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0012  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313153 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0044  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0171508  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0034  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.566958 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62800  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3587  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.453688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0645  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.282647  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0047  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.899585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4701  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000616666  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5072  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000520026  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>