More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_tLeu04 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008309  HS_tLeu04  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.353437  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0028  tRNA-Leu  92.75 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.179122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  92.42 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0017  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00691517 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2149  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1282  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.585329  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2227  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.671862 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000230626  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000443572  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0033  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.735021  normal  0.235069 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0041  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.135898  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0074  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 84 bp  75.8  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0051  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0032  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2360  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0014  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0041  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0038  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.544461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1149  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.416978  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1805  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1064  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0022  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0029  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0839  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0008  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.577966  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0068  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000344448  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03461  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0132208  normal  0.375056 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0020  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.012052 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.247975  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0080  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0080  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0068  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000478917  normal  0.0818589 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0035  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0731523  normal  0.959271 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0008  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0100798  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1434  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.354876  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0032  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0076  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000606872  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0006  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0023  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0030  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1060  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00148501  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0062  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000332284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0024  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000365355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0013  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00398291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0041  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000000982654  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0076  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.243521  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0010  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000141712  hitchhiker  0.00444268 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_R0084  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0386736 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0412  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.56087  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0068  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000000144281  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0079  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0546464 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0066  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000299649  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0076  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.445287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0018  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000323651  normal  0.27333 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1298  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.199566  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1289  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0034  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0404979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0005  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.13932 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0022  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.17393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0007  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000213496 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1129  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.157736  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0738  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0135197  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0043  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0469942  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0022  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0600671  normal  0.0213265 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0029  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0125936  normal  0.289894 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0019  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.369555  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0002  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0528002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0018  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.296928  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0017  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000127557  hitchhiker  0.00355692 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5466  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138574  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0010  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410025  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt50  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.916446 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60360  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3989  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000460311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0012  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313153 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0078  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0008  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3481  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.241057  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4277  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111824  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4701  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000616666  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4496  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00806213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3470  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00513731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3649  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0025  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116004  normal  0.383928 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0065  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62800  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0071  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.64652  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3587  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.453688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3481  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5072  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000520026  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0051  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00811518  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3660  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0342114  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>