206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA_tRNA-Leu-4 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0946  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1054  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 84 bp  89.7  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0011771  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0052  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0053  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406818  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0040  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309345  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.419344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0066  tRNA-Leu  83.95 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.477099  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0012  tRNA-Leu  84.34 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.898265 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1053  tRNA-Leu  84.72 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.161017  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1054  hypothetical protein  84.72 
 
 		 114 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169322  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0634  tRNA-Leu  100 
 
 		 91 bp  54  0.000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.323401  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0021  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000367535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0095  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281966  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t72  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0449352  hitchhiker  0.00732029 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0004  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0990268 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  82.72 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t021  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t57  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205972  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA64  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.775663 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0097  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  82.72 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R18  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104316  normal  0.0469264 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  82.72 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0039  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000274538  hitchhiker  0.00010396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0040  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000655039  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0038  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00110731  hitchhiker  0.0000326076 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  82.72 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0035  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.114161  normal  0.133958 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  82.72 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  82.72 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0010  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410025  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.0000965884  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03461  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0132208  normal  0.375056 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5072  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000520026  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0044  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00713145  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.247975  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt42  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt42  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0035  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0731523  normal  0.959271 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4701  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000616666  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0008  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0100798  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3470  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00513731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1434  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.354876  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2360  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R11  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0076  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000606872  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0013  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338637  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0072  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0032  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5466  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138574  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1060  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00148501  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1805  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0018  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000323651  normal  0.27333 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0065  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0024  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000365355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0043  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00336489  normal  0.0463602 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0068  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000478917  normal  0.0818589 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0013  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00398291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1064  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0028  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0191582  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0029  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00220383  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0030  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00192839  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0041  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000000982654  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0076  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.243521  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0043  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.002346  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0045  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481349  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0079  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0546464 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62800  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0041  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0042  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00146649  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0043  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00579317  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0066  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000299649  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0076  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.445287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1298  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.199566  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03400  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0412  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.56087  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0019  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1149  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.416978  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0037  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.583149  normal  0.146154 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0038  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360445  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1289  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0033  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0594182 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0034  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0585247 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1129  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.157736  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0012  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313153 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0013  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0050  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572114 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0839  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0045  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0150342  normal  0.0447098 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>