More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_R0045 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0249109  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0150342  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.143319  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00713145  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00336489  normal  0.0463602 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0191582  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00220383  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00192839  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.002346  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481349  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0042  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00146649  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00579317  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100426  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0051  tRNA-Leu  100 
 
 
84 bp  167  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000888669  normal  0.130057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0052  tRNA-Leu  100 
 
 
84 bp  167  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000145228  normal  0.134982 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0053  tRNA-Leu  100 
 
 
84 bp  167  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000187871  normal  0.436888 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0043  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0955991  normal  0.0560674 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0041  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.603186  normal  0.0670034 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1968  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2521  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000206835  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0042  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00515288  normal  0.0896861 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0032  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000233164  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1814  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0017  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.192855  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0044  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00489579  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0058  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.031722  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0142  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0162702  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1024  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00686094  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1796  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0107643  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1753  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0023  tRNA-Leu  97.7 
 
 
87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00937245  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0077  tRNA-Leu  97.7 
 
 
87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0057  tRNA-Leu  97.7 
 
 
87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333458  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0025  tRNA-Leu  97.7 
 
 
87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0680936  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5666  tRNA-Leu  96.55 
 
 
89 bp  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5665  tRNA-Leu  96.55 
 
 
89 bp  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1797  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0101943  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60600  tRNA-Leu  96.43 
 
 
84 bp  143  8e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60590  tRNA-Leu  96.43 
 
 
84 bp  143  8e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65210  tRNA-Leu  96.43 
 
 
84 bp  143  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65220  tRNA-Leu  96.43 
 
 
84 bp  143  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0035  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0610176  normal  0.497384 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0075  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000964905  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0015  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.211944 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1969  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0036  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.977915  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2520  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000455871  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1815  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0033  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000096858  normal  0.831114 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0018  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.123501  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0082  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00186312  normal  0.0281447 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0086  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1022  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0362135  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0144  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00805168  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna19  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.320912  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1748  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.487544  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna27  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  93.1 
 
 
87 bp  125  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  93.1 
 
 
87 bp  125  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0025  tRNA-Leu  93.1 
 
 
85 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0026  tRNA-Leu  93.1 
 
 
85 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0037  tRNA-Leu  93.1 
 
 
85 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.583149  normal  0.146154 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0038  tRNA-Leu  93.1 
 
 
85 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360445  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0050  tRNA-Leu  93.1 
 
 
85 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0572114 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0033  tRNA-Leu  93.1 
 
 
85 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0594182 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0034  tRNA-Leu  93.1 
 
 
85 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0585247 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0013  tRNA-Leu  93.1 
 
 
85 bp  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0048  tRNA-Leu  91.95 
 
 
85 bp  111  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.547841 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0077  tRNA-Leu  91.95 
 
 
85 bp  111  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.941886  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0079  tRNA-Leu  91.95 
 
 
85 bp  111  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.966299  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS02877  tRNA-Leu  91.95 
 
 
85 bp  111  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000533754  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03726  tRNA-Leu  91.95 
 
 
85 bp  111  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0825956  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0037  tRNA-Leu  91.95 
 
 
85 bp  111  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.17135  normal  0.776036 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0021  tRNA-Leu  91.95 
 
 
85 bp  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213254  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0059  tRNA-Leu  91.95 
 
 
85 bp  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.418703 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0076  tRNA-Leu  91.95 
 
 
85 bp  111  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737133  normal  0.92014 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0064  tRNA-Leu  91.95 
 
 
85 bp  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.169248 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0017  tRNA-Leu  91.95 
 
 
85 bp  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250714  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0078  tRNA-Leu  91.95 
 
 
85 bp  111  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.914588  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0024  tRNA-Leu  90.8 
 
 
85 bp  103  7e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0027  tRNA-Leu  90.8 
 
 
85 bp  103  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0024  tRNA-Leu  90.8 
 
 
85 bp  103  7e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  89.66 
 
 
87 bp  101  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0033  tRNA-Leu  89.66 
 
 
87 bp  101  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0002  tRNA-Leu  88.51 
 
 
87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217421  hitchhiker  0.000407536 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0038  tRNA-Leu  88.51 
 
 
87 bp  93.7  6e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0003  tRNA-Leu  88.51 
 
 
87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.14318  hitchhiker  0.000405393 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0073  tRNA-Leu  88.51 
 
 
85 bp  87.7  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0001  tRNA-Leu  88.51 
 
 
85 bp  87.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0042  tRNA-Leu  89.16 
 
 
85 bp  87.7  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.574656  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  87.95 
 
 
87 bp  85.7  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt10  tRNA-Leu  87.36 
 
 
87 bp  85.7  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0991  tRNA-Leu  87.36 
 
 
87 bp  85.7  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  87.36 
 
 
87 bp  85.7  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0026  tRNA-Leu  87.36 
 
 
87 bp  85.7  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.344693  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0003  tRNA-Leu  87.36 
 
 
87 bp  85.7  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.804113 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  87.95 
 
 
87 bp  85.7  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>