More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_R0005 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0053  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406818  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  93.02 
 
 		 98 bp  123  7e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1054  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  111  3e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0011771  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0946  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  111  3e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna19  tRNA-Leu  91.57 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.320912  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0035  tRNA-Leu  91.57 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0610176  normal  0.497384 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0052  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0012  tRNA-Leu  91.57 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.898265 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna27  tRNA-Leu  90.36 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0066  tRNA-Leu  92.96 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.557427  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1814  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0058  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.031722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0017  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.192855  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1968  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2521  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000206835  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1024  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00686094  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0032  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000233164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1796  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0107643  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0044  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00489579  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0042  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00515288  normal  0.0896861 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0041  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.603186  normal  0.0670034 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0043  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0955991  normal  0.0560674 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1753  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0142  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0162702  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  90.12 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0021  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213254  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02877  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000533754  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03726  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0825956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0035  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.986583  normal  0.610194 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0001  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0064  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169248 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0078  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.914588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  88.75 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0017  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0048  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.547841 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0077  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.941886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0076  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737133  normal  0.92014 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0079  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.966299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0059  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.418703 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0057  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0023  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00937245  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0077  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0045  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0150342  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0044  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00713145  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0025  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0680936  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0043  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0028  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0191582  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0029  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00220383  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0030  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00192839  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0043  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.002346  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0045  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481349  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0041  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0042  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00146649  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0043  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00579317  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0045  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0249109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0044  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.143319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0043  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00336489  normal  0.0463602 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0051  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 84 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000888669  normal  0.130057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0052  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 84 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000145228  normal  0.134982 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0053  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 84 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000187871  normal  0.436888 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0037  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.17135  normal  0.776036 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0019  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0103  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0050  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000589808  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0049  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000122389  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1797  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0101943  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0064  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5666  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 89 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5665  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 89 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0028  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0005  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000329783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0030  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0029  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.322054 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4728  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212107  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>