More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_R0045 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0066  tRNA-Leu  98.82 
 
 		 85 bp  161  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.477099  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0020  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000105173  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0031  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0836194  normal  0.282288 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0038  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1053  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.161017  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31720  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1054  hypothetical protein  88.46 
 
 		 114 bp  83.8  0.000000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169322  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0064  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0026  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.794805  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0033  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0065  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0071  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193194  normal  0.106914 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0052  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0035  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.438975  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0099  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000201968 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0081  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491812  normal  0.178181 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0003  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.337564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0003  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.257366  normal  0.235874 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0003  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0002  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00250  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0072  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0001  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0006  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.26401 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0068  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0003  tRNA-Leu  95 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1024  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00686094  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0058  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.031722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0078  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.914588  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02877  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000533754  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03726  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0825956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0017  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.192855  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt10  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.17135  normal  0.776036 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0003  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.804113 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0023  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00937245  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0077  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0077  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.941886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.143319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1968  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0955991  normal  0.0560674 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna19  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.320912  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0017  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0150342  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0026  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.344693  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2521  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000206835  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000233164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0076  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737133  normal  0.92014 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0025  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0680936  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.603186  normal  0.0670034 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0079  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.966299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0042  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00515288  normal  0.0896861 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.002346  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00489579  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481349  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0610176  normal  0.497384 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0042  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00146649  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00579317  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00713145  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00336489  normal  0.0463602 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.583149  normal  0.146154 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360445  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0033  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0594182 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0034  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0585247 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0249109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1753  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0013  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0991  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0050  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572114 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0142  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0162702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>