243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_R0002 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010814  Glov_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0422651  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0003  tRNA-Leu  95.06 
 
 		 87 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277294  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0016  tRNA-Leu  90.12 
 
 		 87 bp  97.6  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127498 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.639768  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0058  tRNA-Leu  86.42 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000819667  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0033  tRNA-Leu  86.42 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0003  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.804113 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0013  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0018  tRNA-Leu  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000477494  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0019  tRNA-Leu  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000288253  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0946  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t102  tRNA-Leu  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000565255  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1054  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0011771  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0109  tRNA-Leu  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0020  tRNA-Leu  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000559714  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0037  tRNA-Leu  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000758461  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t101  tRNA-Leu  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000108227  normal  0.0525224 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0031  tRNA-Leu  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000068537  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0019  tRNA-Leu  92 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000052132  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0025  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000676753  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0006  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0789376  normal  0.851363 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0055  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 84 bp  58  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.796576  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0128  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00106969  normal  0.52847 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0133  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000286761  normal  0.279281 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0130  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584266  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0120  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00172985  normal  0.187402 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224003 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0127  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000102689  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0022  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0031  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.045624  normal  0.187566 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0049  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t58  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.544778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t59  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.523446  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  94.29 
 
 		 98 bp  54  0.000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA2  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA3  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R11  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0012  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.898265 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0026  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.794805  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0116  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000605534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0033  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t72  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0449352  hitchhiker  0.00732029 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t57  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205972  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA64  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.775663 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R18  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104316  normal  0.0469264 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0097  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0095  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0013  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338637  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0072  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0990268 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0528002  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0032  tRNA-Leu  88 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0173175  normal  0.0159101 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t092  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t093  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0126  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553004  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0122  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000181545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0123  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0114  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000507523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0010  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410025  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.0000965884  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0065  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0104  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000390142  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t015  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116004  normal  0.383928 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0082  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000269162  normal  0.128864 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0100  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000931181  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0031  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4701  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000616666  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>