More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_R0140 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0123  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  97.6  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0109  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0122  tRNA-Leu  97.96 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000181545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0114  tRNA-Leu  90.41 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000507523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  90.41 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0037  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000758461  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0018  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000477494  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0019  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000052132  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t102  tRNA-Leu  93.22 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000565255  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t093  tRNA-Leu  95.92 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0126  tRNA-Leu  95.92 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553004  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  95.92 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  100 
 
 		 98 bp  79.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0019  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000288253  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0031  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000068537  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0020  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000559714  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t101  tRNA-Leu  92.73 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000108227  normal  0.0525224 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t092  tRNA-Leu  93.88 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0116  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000605534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0031  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.9705100000000005e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0032  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209696  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0053  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406818  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0527  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000711336  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0035  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4201  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21132e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0044  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0171508  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0022  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.964381  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0030  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0023  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0049  tRNA-Leu  88.52 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0045  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259532  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0036  tRNA-Leu  90.38 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000019352  hitchhiker  0.000141748 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  95 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0034  tRNA-Leu  90.38 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0071  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.64652  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0013  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0018  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.296928  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4277  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111824  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0051  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00811518  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3989  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000460311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu04  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.353437  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0078  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0019  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.369555  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00058  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.293441  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0010  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410025  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3470  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00513731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3481  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.241057  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3649  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3587  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.453688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3551  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0025  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116004  normal  0.383928 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4272  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.645936  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0841  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4273  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.901226  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0036  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777471  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5072  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000520026  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4701  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000616666  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3481  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1772  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1768  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000175454  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0034  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.956529  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0035  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761901  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4274  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4496  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00806213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3660  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0342114  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0012  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313153 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0082  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000269162  normal  0.128864 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00069  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000211563  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0005  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000329783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000230562  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0127  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000102689  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>