299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_R0055 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_R0055  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.796576  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0133  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000286761  normal  0.279281 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0127  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000102689  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0120  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00172985  normal  0.187402 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0128  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00106969  normal  0.52847 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0130  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584266  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  93.24 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  93.24 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  93.24 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  93.24 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  93.24 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  93.24 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna149  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0041  tRNA-Leu  89.87 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.264208 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0124  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00204049  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t015  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t019  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0111  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000389505  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0107  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109808  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0031  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0128  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0115  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000122421  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  97.83 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0033  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000505134  normal  0.14321 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0037  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000519454  normal  0.148568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0034  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000179854  normal  0.115675 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0038  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000710628  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0039  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000435375  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0032  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000103773  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0036  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000195889  normal  0.0261952 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0104  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000390142  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0100  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000931181  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0119  tRNA-Leu  90.54 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110809  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t010  tRNA-Leu  90.41 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000827659  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna142  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000867918  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna144  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna148  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna138  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000894739  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna140  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna146  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t014  tRNA-Leu  90.41 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000624241  hitchhiker  0.000000000488126 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna136  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000736232  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna151  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000109594  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  88 
 
 		 81 bp  77.8  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  88 
 
 		 81 bp  77.8  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0013  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01242  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01233  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01239  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01237  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0058  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0020  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24589  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0022  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0022  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0068  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000622539  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4585  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3144t  tRNA-Leu  88.16 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3146t  tRNA-Leu  88.16 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000598983  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3148t  tRNA-Leu  88.16 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3153t  tRNA-Leu  88.16 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000997462  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07705  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3150t  tRNA-Leu  88.16 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0038  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00398477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0037  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21797  normal  0.0832006 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0039  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00836126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0012  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.243328 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0039  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.32934  normal  0.56241 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0039  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.368891  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0020  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01236  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0625  tRNA-Leu  87.3 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00420103  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t092  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t093  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0016  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127498 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0030  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000143039  normal  0.038652 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09040  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00190056  normal  0.352495 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0126  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553004  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0025  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330204  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11710  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.35262 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0003  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277294  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0114  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000507523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0070  tRNA-Leu  86.49 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.436303  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>