203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0020 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  163  8.000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0021  tRNA-Leu  91.46 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0764  tRNA-Leu  91.46 
 
 		 87 bp  107  4e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.509381  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2214  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 87 bp  91.7  2e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.135486  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2139  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 87 bp  91.7  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0230095  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07705  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 82 bp  83.8  0.000000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0050  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt22  tRNA-Leu  92.73 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.355565 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  95.74 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.210908  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2038  tRNA-Leu  95.74 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000144559  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1466  tRNA-Leu  95.74 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0029  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.988938  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1759  tRNA-Leu  95.74 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1681  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.602925  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 82 bp  73.8  0.000000000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.0000965884  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0039  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.32934  normal  0.56241 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0008  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.410755  normal  0.517805 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0020  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24589  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0022  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0022  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4585  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0048  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0119  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110809  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t015  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t019  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0100  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000931181  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0115  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000122421  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0104  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000390142  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0031  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0033  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000505134  normal  0.14321 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0037  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000519454  normal  0.148568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0034  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000179854  normal  0.115675 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0038  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000710628  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0039  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000435375  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0032  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000103773  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0036  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000195889  normal  0.0261952 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t010  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000827659  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t014  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000624241  hitchhiker  0.000000000488126 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0107  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109808  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0111  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000389505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0128  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0124  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00204049  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0120  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00172985  normal  0.187402 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0128  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00106969  normal  0.52847 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0127  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000102689  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0055  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.796576  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0030  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0130  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584266  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0133  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000286761  normal  0.279281 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0039  tRNA-Leu  87.93 
 
 		 82 bp  60  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813097 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0023  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 83 bp  60  0.00000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000596952  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0038  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.03097 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0060  tRNA-Leu  87.27 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0293749  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0013  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0041  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.264208 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0058  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0175  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0416  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0685783  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0625  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00420103  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0023  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000058482  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R11  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0012  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.898265 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0079  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000254468  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5729  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000506844  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t092  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t58  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.544778  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA2  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA3  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R10  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.919208  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0031  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000068537  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0109  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5000  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0016  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.23668 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0066  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.112179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0049  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000545607  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0116  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000605534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0136  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000583941  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0021  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00453135  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>