177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_RNA2 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_t58  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.544778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t59  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.523446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA2  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA3  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R10  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.919208  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R11  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0038  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt10  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0065  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0003  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.804113 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0063  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0200123  decreased coverage  0.00662363 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0026  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.344693  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0991  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0012  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.898265 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4554  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232899  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0063  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t102  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000565255  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t101  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000108227  normal  0.0525224 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0114  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000507523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0031  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000068537  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0019  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000052132  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0020  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000559714  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0018  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000477494  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0019  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000288253  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0037  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000758461  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0099  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000201968 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0109  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0081  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491812  normal  0.178181 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0033  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 84 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 84 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t092  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t093  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0126  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553004  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0116  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000605534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0126  tRNA-Leu  90.74 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000177569  hitchhiker  0.000589421 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0038  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0022  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4585  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0053  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406818  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0020  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24589  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0022  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t015  tRNA-Leu  92 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0119  tRNA-Leu  92 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110809  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t010  tRNA-Leu  92 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000827659  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0128  tRNA-Leu  92 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0146  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000070771  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  85.14 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0118  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.233228  hitchhiker  0.00000366381 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0111  tRNA-Leu  92 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000389505  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0082  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367959  normal  0.245583 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0016  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  91.84 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0025  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0595639  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  91.84 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t019  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  84.72 
 
 		 98 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t014  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000624241  hitchhiker  0.000000000488126 
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  84.72 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  84.72 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0115  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000122421  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0124  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00204049  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0031  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0033  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000505134  normal  0.14321 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0037  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000519454  normal  0.148568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0034  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000179854  normal  0.115675 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0038  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000710628  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0039  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000435375  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0032  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000103773  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0036  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000195889  normal  0.0261952 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0107  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109808  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0100  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000931181  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0104  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000390142  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0026  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.794805  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna27  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0002  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0422651  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0002  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217421  hitchhiker  0.000407536 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0003  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.14318  hitchhiker  0.000405393 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>