220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0058 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_R0058  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0013  tRNA-Leu  93.9 
 
 		 82 bp  123  7e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11710  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.35262 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0030  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000143039  normal  0.038652 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4585  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0022  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0022  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0020  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24589  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0039  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.32934  normal  0.56241 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0047  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09040  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00190056  normal  0.352495 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  89.33 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0030  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 82 bp  83.8  0.000000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07705  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0022  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000969844  normal  0.805987 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0055  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 84 bp  75.8  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.796576  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0127  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000102689  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0128  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00106969  normal  0.52847 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0133  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000286761  normal  0.279281 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0130  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584266  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0055  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.143811  hitchhiker  0.0000015114 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0120  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00172985  normal  0.187402 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0041  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0554879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0008  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.410755  normal  0.517805 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t015  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0015  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.134139  normal  0.0596328 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0025  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330204  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0119  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110809  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0111  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000389505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0128  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t010  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000827659  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0060  tRNA-Leu  85.37 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0126  tRNA-Leu  87.65 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000177569  hitchhiker  0.000589421 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0028  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2214  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.135486  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0023  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000058482  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0038  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.03097 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0048  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000119164  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0041  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.264208 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0004  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t019  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0031  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0033  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000505134  normal  0.14321 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0037  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000519454  normal  0.148568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0034  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000179854  normal  0.115675 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0038  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000710628  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0039  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000435375  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0032  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000103773  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0036  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000195889  normal  0.0261952 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0115  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000122421  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0124  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00204049  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0107  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109808  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0079  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000254468  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0100  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000931181  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0104  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000390142  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t014  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000624241  hitchhiker  0.000000000488126 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0067  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00168442  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0057  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 80 bp  60  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0744744  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0001  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0027  tRNA-Leu  85.14 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1681  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.602925  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna42  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.210908  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1466  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0146  tRNA-Leu  86.42 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000070771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0118  tRNA-Leu  86.42 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.233228  hitchhiker  0.00000366381 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2038  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000144559  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1759  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0005  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>