299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0030 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  163  8.000000000000001e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0008  tRNA-Leu  91.25 
 
 
82 bp  103  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.410755  normal  0.517805 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0060  tRNA-Leu  90.24 
 
 
82 bp  99.6  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0029  tRNA-Leu  93.75 
 
 
85 bp  95.6  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.988938  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0079  tRNA-Leu  92.54 
 
 
85 bp  93.7  6e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000254468  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0048  tRNA-Leu  89.02 
 
 
85 bp  91.7  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000119164  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0014  tRNA-Leu  89.02 
 
 
85 bp  91.7  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0067  tRNA-Leu  89.02 
 
 
82 bp  91.7  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00168442  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0039  tRNA-Leu  93.44 
 
 
85 bp  89.7  9e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.32934  normal  0.56241 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0044  tRNA-Leu  91.3 
 
 
82 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.312452 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0039  tRNA-Leu  88.75 
 
 
85 bp  87.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.56181 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07705  tRNA-Leu  90.14 
 
 
82 bp  85.7  0.000000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  87.8 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  87.8 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  87.8 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0058  tRNA-Leu  87.8 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0055  tRNA-Leu  89.86 
 
 
82 bp  81.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.143811  hitchhiker  0.0000015114 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0025  tRNA-Leu  89.86 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330204  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0048  tRNA-Leu  90.77 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  87.5 
 
 
85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  87.5 
 
 
85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  87.5 
 
 
85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000058482  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna42  tRNA-Leu  89.55 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0034  tRNA-Leu  94 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000115228  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0048  tRNA-Leu  94 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000131819 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0046  tRNA-Leu  88.41 
 
 
82 bp  73.8  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0015  tRNA-Leu  89.23 
 
 
82 bp  73.8  0.000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.134139  normal  0.0596328 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0044  tRNA-Leu  88.41 
 
 
82 bp  73.8  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0046  tRNA-Leu  88.41 
 
 
82 bp  73.8  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5729  tRNA-Leu  95.45 
 
 
81 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000506844  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  95.45 
 
 
84 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000113622  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5000  tRNA-Leu  95.45 
 
 
86 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  95.45 
 
 
84 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0312649  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5816  tRNA-Leu  95.45 
 
 
86 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000614665  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  95.45 
 
 
84 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000129423  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5031  tRNA-Leu  95.45 
 
 
86 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000523525  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  95.45 
 
 
81 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000003271  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0021  tRNA-Leu  95.45 
 
 
81 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00453135  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  86.25 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  86.25 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0024  tRNA-Leu  97.5 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0043  tRNA-Leu  97.5 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000643115  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  86.25 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  86.84 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  86.25 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  86.25 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0049  tRNA-Leu  95.45 
 
 
81 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000545607  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0020  tRNA-Leu  97.5 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0117664  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  86.25 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  86.25 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  86.25 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0136  tRNA-Leu  95.45 
 
 
81 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000583941  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0097  tRNA-Leu  95.45 
 
 
81 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000723849  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  88.06 
 
 
85 bp  69.9  0.00000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  88.06 
 
 
85 bp  69.9  0.00000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0062  tRNA-Leu  85.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.8923600000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0062  tRNA-Leu  85.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0160878  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0039  tRNA-Leu  85.37 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00813097 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0034  tRNA-Leu  85.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000338486  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  89.66 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.210908  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  85.37 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0293749  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  85.37 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0831  tRNA-Leu  85.37 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000791902  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09040  tRNA-Leu  93.48 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00190056  normal  0.352495 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0030  tRNA-Leu  85.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.249207  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna142  tRNA-Leu  85.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000867918  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  85.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11710  tRNA-Leu  93.48 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.35262 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0030  tRNA-Leu  93.48 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000143039  normal  0.038652 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0762  tRNA-Leu  85.37 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000162709  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2214  tRNA-Leu  89.66 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.135486  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0075  tRNA-Leu  85.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000116589  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0691  tRNA-Leu  85.37 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152915  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0030  tRNA-Leu  95.65 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000169426  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01239  tRNA-Leu  85.37 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1466  tRNA-Leu  89.66 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0044  tRNA-Leu  95.24 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000291154  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna144  tRNA-Leu  85.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0059  tRNA-Leu  85.37 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5018  tRNA-Leu  85.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000585411  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna146  tRNA-Leu  85.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0796  tRNA-Leu  85.37 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000227497  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0737  tRNA-Leu  85.37 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000058826  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0784  tRNA-Leu  85.37 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000606436  normal  0.448527 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0723  tRNA-Leu  85.37 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000925  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2038  tRNA-Leu  89.66 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000144559  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0059  tRNA-Leu  85.37 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.408323  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01233  tRNA-Leu  85.37 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna138  tRNA-Leu  85.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000894739  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0175  tRNA-Leu  85.37 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0416  tRNA-Leu  85.37 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0685783  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01237  tRNA-Leu  85.37 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0008  tRNA-Leu  95.65 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0407905  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01242  tRNA-Leu  85.37 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1759  tRNA-Leu  89.66 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0459  tRNA-Leu  85.37 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000131572  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0063  tRNA-Leu  85.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000661955  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4653  tRNA-Leu  85.37 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.43114e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0034  tRNA-Leu  85.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000358312  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>