More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_R0126 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_t093  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0126  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553004  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t092  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0123  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0122  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000181545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0018  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000477494  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0037  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000758461  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0114  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000507523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0019  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000052132  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t102  tRNA-Leu  94.19 
 
 		 87 bp  131  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000565255  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0019  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000288253  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0031  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000068537  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0116  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000605534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0020  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000559714  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t101  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000108227  normal  0.0525224 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0025  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0595639  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R11  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0109  tRNA-Leu  97.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  95.92 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R10  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.919208  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0012  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.898265 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0146  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000070771  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t58  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.544778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t59  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.523446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA2  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA3  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0118  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.233228  hitchhiker  0.00000366381 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0126  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000177569  hitchhiker  0.000589421 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0063  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0200123  decreased coverage  0.00662363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0065  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  97.22 
 
 		 98 bp  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000096251  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00069  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000211563  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5882  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.119438  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000511296  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0081  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0210398  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4876  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000008654  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0033  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000856484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000584186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000052486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000230562  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000625029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4967  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000670615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5234  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000900844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4321  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000341532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000390676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000704733  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0063  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0055  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.796576  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0133  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000286761  normal  0.279281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0130  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584266  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0128  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00106969  normal  0.52847 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>