298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0050 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  98.73 
 
 		 85 bp  149  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0068  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000622539  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3504  tRNA-Leu  92.41 
 
 		 85 bp  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41320  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 82 bp  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73657  normal  0.390973 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  91.14 
 
 		 85 bp  101  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  91.14 
 
 		 85 bp  101  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0055  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 84 bp  89.7  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.796576  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60230  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 82 bp  87.7  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  90.28 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  88.75 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R53  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9371 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  87.84 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0021  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  87.84 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  87.84 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  87.84 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  87.84 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0028  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  90.32 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  87.84 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.0000965884  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  86.49 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0128  tRNA-Leu  86.49 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00106969  normal  0.52847 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0120  tRNA-Leu  86.49 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00172985  normal  0.187402 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0127  tRNA-Leu  86.49 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000102689  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0133  tRNA-Leu  86.49 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000286761  normal  0.279281 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0130  tRNA-Leu  86.49 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584266  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  85 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  85 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  85 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  95 
 
 		 81 bp  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0065  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.401468  normal  0.0428865 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0042  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.13474 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0041  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.264208 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0057  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.811413  hitchhiker  0.000421816 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t52  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.329875  normal  0.0339044 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 81 bp  60  0.00000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t015  tRNA-Leu  85.14 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0014  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20516  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0119  tRNA-Leu  85.14 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110809  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0128  tRNA-Leu  85.14 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0111  tRNA-Leu  85.14 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000389505  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna140  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna148  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000596952  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna142  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000867918  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna146  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna138  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000894739  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna151  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000109594  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0073  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.218287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t010  tRNA-Leu  84.93 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000827659  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna136  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000736232  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna144  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0032  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10010  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.592276  normal  0.477324 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0020  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24589  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0015  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0022  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4585  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0022  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0051  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0246748  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>