245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_R0014 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_R0014  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  163  8.000000000000001e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20516  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0055  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 82 bp  81.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.143811  hitchhiker  0.0000015114 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  89.23 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0073  tRNA-Leu  89.23 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.218287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0094  tRNA-Leu  89.23 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 81 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0026  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1859  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0070  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.436303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  95 
 
 		 81 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0002  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.318863  normal  0.56109 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0004  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.129174  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0068  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000622539  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1580  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1615  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.622416 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0004  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.446366  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309087  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309138  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309179  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.227033  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309360  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0043  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 83 bp  60  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.45142e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 84 bp  60  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0086  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 83 bp  60  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000003449  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0042  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0015  tRNA-Leu  88.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.134139  normal  0.0596328 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0005  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0022  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000969844  normal  0.805987 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11710  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.35262 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09040  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00190056  normal  0.352495 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0445  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0460739  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0024  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0030  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000143039  normal  0.038652 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0066  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.557427  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 81 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 81 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.926343  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-7  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0039  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0046  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0054  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0044  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0046  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0019  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0357055  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0042  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105612  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0046  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0094  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309276  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0027  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000345665  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0047  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0158723 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4256  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0031  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0308753  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0015  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0181398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0007  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0032  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000109128  hitchhiker  0.00302249 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0050  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 82 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.167619  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0029  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000561598  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0331  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000146268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1826  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0770731  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0006  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0901728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0051  tRNA-Leu  85.48 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0246748  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>