239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0026 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  163  8.000000000000001e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 85 bp  147  5e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  115  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0051  tRNA-Leu  91.46 
 
 		 82 bp  107  4e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0246748  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0049  tRNA-Leu  91.46 
 
 		 82 bp  107  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000350278 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24950  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.53191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1580  tRNA-Leu  92.42 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1615  tRNA-Leu  92.42 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.622416 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0045  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.936664  normal  0.134818 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0024  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 84 bp  83.8  0.000000000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 81 bp  81.8  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0007  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309276  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1365  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 84 bp  75.8  0.000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0042  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105612  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0028  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0032  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 83 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0014  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20516  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0003  tRNA-Leu  89.87 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.123748  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309360  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 81 bp  69.9  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0003  tRNA-Leu  89.87 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.012184 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0003  tRNA-Leu  89.87 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0003  tRNA-Leu  89.87 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.98053 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0002  tRNA-Leu  89.87 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.867688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0003  tRNA-Leu  89.87 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14003  tRNA-Leu  89.87 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0003  tRNA-Leu  89.87 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.589576  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  85.9 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0005  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00250  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.427381  normal  0.701235 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1859  tRNA-Leu  95 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0022  tRNA-Leu  88.33 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  88.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  88.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  88.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  88.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0068  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000622539  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0023  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000058482  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0003  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.068778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0043  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.45142e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 81 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0086  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000003449  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 81 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.639598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0018  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0174601  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0095  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000279268  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0002  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.318863  normal  0.56109 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0042  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0055  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.143811  hitchhiker  0.0000015114 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0018  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0003  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0004  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.446366  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10010  tRNA-Leu  85.37 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.592276  normal  0.477324 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0019  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0357055  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0046  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0027  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000345665  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4910  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00037453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000511296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0003  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.207592  hitchhiker  0.00400711 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0003  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4256  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>