210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0018 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0018  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0044  tRNA-Leu  93.83 
 
 		 81 bp  121  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.968871  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0048  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000119164  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0067  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00168442  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0060  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 82 bp  83.8  0.000000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5000  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5031  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000523525  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5729  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 81 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000506844  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000113622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0312649  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000129423  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 81 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000003271  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5816  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000614665  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0021  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 81 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00453135  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0049  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 81 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000545607  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0097  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 81 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000723849  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0136  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 81 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000583941  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0293749  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0175  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0416  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0685783  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0246748  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000350278 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0030  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000169426  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0030  tRNA-Leu  85.37 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0008  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0407905  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0016  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0059  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0043  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000643115  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0059  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.408323  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0021  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.380759  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0033  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.34016  normal  0.730319 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0024  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.994542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0048  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000131819 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0040  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00145069  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0020  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0117664  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.478295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.711987 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.7456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0036  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0019  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.819942 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0028  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.639598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0034  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000115228  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0026  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0290157  normal  0.678466 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259532  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14022  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0044  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312452 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0003  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.337564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0036  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000019352  hitchhiker  0.000141748 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17070  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.779723 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0038  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00225863  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.994208  normal  0.020013 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0039  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00126939  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5729  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000974817  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00250  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5691  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 81 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0020  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000445205  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000254003  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108286  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-8  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000233591  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 81 bp  50.1  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000150176  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0012  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.243328 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0017  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.777785  hitchhiker  0.00241286 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0782  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.20057e-31 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4574  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000586853  normal  0.081406 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0857  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000493478  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0054  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5636  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.115457  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0098  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160817  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0215  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0019  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000126286  hitchhiker  0.0000000180291 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0021  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 81 bp  50.1  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0114577  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0101  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 81 bp  50.1  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000651871  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0140  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 81 bp  50.1  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000406181  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0023  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000058482  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.316898  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.889028 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21100  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.570038  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0026  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000829114  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21120  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  0.20293 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0033  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000656605  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13650  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00181798  normal  0.743101 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31720  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00250  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.427381  normal  0.701235 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000000112966  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>