109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0019 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.819942 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0018  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742727  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0016  tRNA-Leu  86.05 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0003  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0003  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0018  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 84 bp  54  0.000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0020  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 84 bp  54  0.000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000445205  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24950  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.53191  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 81 bp  54  0.000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0035  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000252903  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0003  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0003  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.48253  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00250  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.427381  normal  0.701235 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0044  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.968871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0003  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00250  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0003  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0064  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0043  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.45142e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0019  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.23458  hitchhiker  0.000680793 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0024  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0552  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0183595  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0026  tRNA-Leu  86.27 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0004  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00803834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna42  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0047  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0045  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.936664  normal  0.134818 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0026  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0027  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.319265  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00085  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0081  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0210398  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0012  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0014  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.582798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0014  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.306064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0055  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97975  normal  0.23732 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0017  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00783085  normal  0.0179625 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0018  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0174601  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0095  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000279268  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4728  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212107  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5114  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000153961  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0035  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.443555  hitchhiker  0.0011372 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0095  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0436868  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4916  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000645766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000230562  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4957  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4910  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00037453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000390676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000584186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4807  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000360062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000052486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000704733  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000096251  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4875  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000898834  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4321  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000341532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4967  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000670615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4968  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000650666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000625029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000856484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5234  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000900844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5882  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.119438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0017  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.347732  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>