206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_R0047 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  96.47 
 
 		 85 bp  145  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0041  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0554879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0058  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0025  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330204  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0030  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000143039  normal  0.038652 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 81 bp  77.8  0.0000000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0013  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0022  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000969844  normal  0.805987 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11710  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.35262 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1187  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09040  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00190056  normal  0.352495 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0028  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1859  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 81 bp  60  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0012  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.243328 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0008  tRNA-Leu  83.75 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.410755  normal  0.517805 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0031  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362907  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0047  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.279454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0052  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.888943  normal  0.34403 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0039  tRNA-Leu  83.75 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.56181 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0445  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0460739  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0035  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0024  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0032  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0552  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0183595  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0036  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0030  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0071  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.690951  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57692  normal  0.238964 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0032  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2315  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 81 bp  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0015  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.134139  normal  0.0596328 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3148t  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0035  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3146t  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000598983  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3153t  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000997462  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3150t  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3144t  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0014  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  0.6782 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0051  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.183194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179556  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0014  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20516  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0015  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 90 bp  50.1  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0017  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.137168  normal  0.352813 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 81 bp  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0037  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0002  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.164011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3838  hypothetical protein  100 
 
 		 489 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0996285  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0038  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0409606  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0003  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0035  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.179216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0086  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000003449  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07707  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.650845  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0894  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0035  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>