99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0035 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.164011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0037  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0009  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0034  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.566958 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0037  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.477957  normal  0.0356548 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0009  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.553252  normal  0.0230597 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0013  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4338  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162299  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6043  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.768445  normal  0.843688 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0052  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4568  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.666254  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0030  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0039  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.419334  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0014  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0110996  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0019  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0000161496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0047  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.899585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1044  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.255738  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0030  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.299812  normal  0.066505 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t19  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 82 bp  89.7  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t20  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 82 bp  89.7  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.178087  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0645  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.282647  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0041  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0036  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.247967  decreased coverage  0.00943738 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0004  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.549944  normal  0.0458093 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0036  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  89.09 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0010  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0160  tRNA-Leu  84.09 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0258592  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0026  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.794805  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1519  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000428065  normal  0.832242 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0067  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000720864  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0046  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0041  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0554879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309138  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309087  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0047  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309179  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.227033  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0004  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.129174  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0050  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.155875  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0029  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.665018  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0081  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491812  normal  0.178181 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0014  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  0.6782 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.319265  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60600  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60590  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0009  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0040  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07707  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.650845  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65210  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0020    100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00753616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0008  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.659495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0071  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.690951  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0010  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0007  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0058  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0003  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu04  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000617497 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330204  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.183194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65220  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.847907  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217421  hitchhiker  0.000407536 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.14318  hitchhiker  0.000405393 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA50  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.391222  normal  0.656263 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5665  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5666  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0003  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.804113 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0016  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57692  normal  0.238964 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0099  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000201968 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>