230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0048 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  98.82 
 
 		 85 bp  161  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0041  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0554879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0047  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  91.46 
 
 		 81 bp  99.6  1e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  92.42 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0022  tRNA-Leu  89.53 
 
 		 86 bp  91.7  2e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000969844  normal  0.805987 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0039  tRNA-Leu  88.75 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.56181 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0025  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330204  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0028  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0058  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 81 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1859  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0031  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362907  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0047  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.279454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0052  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.888943  normal  0.34403 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0035  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0013  tRNA-Leu  85.37 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0044  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0046  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3504  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309276  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0046  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0035  tRNA-Leu  85 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0032  tRNA-Leu  95 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0014  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  0.6782 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0014  tRNA-Leu  95 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20516  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  95 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  87.3 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 81 bp  60  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 81 bp  60  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0086  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000003449  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41320  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73657  normal  0.390973 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0445  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0460739  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0055  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.143811  hitchhiker  0.0000015114 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309360  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0042  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0007  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0030  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000143039  normal  0.038652 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0026  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0039  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0024  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0008  tRNA-Leu  83.75 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.410755  normal  0.517805 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07707  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.650845  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0031  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0308753  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0042  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105612  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0552  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0183595  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNALeuVIMSS1309184  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57692  normal  0.238964 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0027  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1187  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>