220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_3504 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_3504  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41320  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73657  normal  0.390973 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60230  tRNA-Leu  95.12 
 
 
82 bp  131  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R53  tRNA-Leu  94.12 
 
 
85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.9371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0065  tRNA-Leu  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.401468  normal  0.0428865 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0041  tRNA-Leu  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.264208 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0042  tRNA-Leu  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.13474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0057  tRNA-Leu  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.811413  hitchhiker  0.000421816 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  93.67 
 
 
85 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t52  tRNA-Leu  92.68 
 
 
82 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.329875  normal  0.0339044 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  98.39 
 
 
85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  91.76 
 
 
85 bp  113  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  92.41 
 
 
85 bp  109  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  92.41 
 
 
85 bp  109  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  93.75 
 
 
85 bp  95.6  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3144t  tRNA-Leu  89.02 
 
 
82 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3146t  tRNA-Leu  89.02 
 
 
82 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000598983  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3148t  tRNA-Leu  89.02 
 
 
82 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3153t  tRNA-Leu  89.02 
 
 
82 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000997462  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3150t  tRNA-Leu  89.02 
 
 
82 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna140  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna136  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000736232  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna151  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000109594  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna138  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000894739  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0068  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000622539  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna146  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna144  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna148  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna142  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000867918  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  88.61 
 
 
85 bp  85.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  88.61 
 
 
85 bp  85.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01239  tRNA-Leu  87.8 
 
 
82 bp  83.8  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01242  tRNA-Leu  87.8 
 
 
82 bp  83.8  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01237  tRNA-Leu  87.8 
 
 
82 bp  83.8  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01233  tRNA-Leu  87.8 
 
 
82 bp  83.8  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0037  tRNA-Leu  89.86 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21797  normal  0.0832006 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna149  tRNA-Leu  87.06 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0039  tRNA-Leu  89.86 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.368891  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  87.34 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  88.41 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  88.41 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  88.41 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0331  tRNA-Leu  87.5 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000146268  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0029  tRNA-Leu  87.5 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000561598  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0047  tRNA-Leu  87.5 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0158723 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  89.06 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4256  tRNA-Leu  87.5 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01236  tRNA-Leu  88.89 
 
 
82 bp  69.9  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  89.55 
 
 
84 bp  69.9  0.00000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  86.59 
 
 
81 bp  67.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  86.96 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  86.96 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  86.96 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1765  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000020879  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1770  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000135684  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1774  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000900033  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1776  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000114198  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0038  tRNA-Leu  86.96 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00398477  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0039  tRNA-Leu  86.96 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00836126  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0128  tRNA-Leu  86.76 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00106969  normal  0.52847 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  95 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0028  tRNA-Leu  93.18 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0120  tRNA-Leu  86.76 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00172985  normal  0.187402 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0127  tRNA-Leu  86.76 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000102689  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0133  tRNA-Leu  86.76 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000286761  normal  0.279281 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0130  tRNA-Leu  86.76 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584266  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  95 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  86.76 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0022  tRNA-Leu  86.57 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t015  tRNA-Leu  86.57 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0128  tRNA-Leu  86.57 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  84.81 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0022  tRNA-Leu  86.57 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t010  tRNA-Leu  86.57 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000827659  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0111  tRNA-Leu  86.57 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000389505  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4585  tRNA-Leu  86.57 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0020  tRNA-Leu  86.57 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24589  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0119  tRNA-Leu  86.57 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110809  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>