287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0027 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3504  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41320  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  99.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73657  normal  0.390973 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  92.75 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0068  tRNA-Leu  89.87 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000622539  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  92.42 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  92.42 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  90.28 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  90.28 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  90.28 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0331  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000146268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0047  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0158723 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0029  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000561598  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4256  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  94.23 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  94.23 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60230  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 82 bp  79.8  0.00000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0022  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna144  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t015  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna146  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0128  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t010  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000827659  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna148  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0111  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000389505  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0020  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24589  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna142  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000867918  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna140  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0022  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna136  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000736232  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna138  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000894739  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4585  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0119  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110809  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna151  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000109594  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0014  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20516  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0070  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.436303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3146t  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000598983  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 81 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3148t  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  90.32 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  90.32 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  90.32 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3150t  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  90.32 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3153t  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000997462  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3144t  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0055  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.143811  hitchhiker  0.0000015114 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01239  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 82 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01233  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 82 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01237  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 82 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  90.16 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  90.16 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0065  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.401468  normal  0.0428865 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0041  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.264208 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  90.16 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  90.16 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  90.16 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01242  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 82 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  90.16 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0057  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.811413  hitchhiker  0.000421816 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0042  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.13474 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R53  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9371 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0026  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0062  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.8923600000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0723  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000925  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t019  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0831  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000791902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0075  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000116589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5018  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000585411  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0104  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000390142  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0100  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000931181  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01236  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0031  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0034  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000358312  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0073  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.218287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4653  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.43114e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0784  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000606436  normal  0.448527 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0691  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152915  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>