299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_2213 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  91.7  3e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0006  tRNA-Leu  97.87 
 
 		 84 bp  85.7  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0901728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  89.53 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0043  tRNA-Leu  95.74 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.45142e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0086  tRNA-Leu  95.74 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000003449  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0045  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0041  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000041426  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0032  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000109128  hitchhiker  0.00302249 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 81 bp  67.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0023  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0359439  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0005  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.570293  normal  0.011385 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0057  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.311538  normal  0.840982 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R53  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9371 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  95 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41320  tRNA-Leu  95 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73657  normal  0.390973 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3504  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60230  tRNA-Leu  95 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 83 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.115462  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0331  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000146268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4256  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t52  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.329875  normal  0.0339044 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0024  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0032  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0057  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.811413  hitchhiker  0.000421816 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0042  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.13474 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0014  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20516  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0047  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0158723 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0029  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000561598  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 81 bp  60  0.00000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0065  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.401468  normal  0.0428865 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna42  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna144  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01237  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01233  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna148  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0014  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  0.6782 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna142  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000867918  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna146  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna151  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000109594  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna149  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0026  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna140  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01242  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna136  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000736232  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna138  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000894739  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01239  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309296  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0633499 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0038  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00398477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0037  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21797  normal  0.0832006 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0042  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3150t  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3148t  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0039  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.368891  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1187  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3144t  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0039  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00836126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3146t  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000598983  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 81 bp  54  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3153t  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000997462  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>