284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0041 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000041426  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0005  tRNA-Leu  87.36 
 
 
87 bp  85.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.570293  normal  0.011385 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0006  tRNA-Leu  97.78 
 
 
84 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0901728  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0032  tRNA-Leu  97.78 
 
 
83 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000109128  hitchhiker  0.00302249 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0023  tRNA-Leu  97.78 
 
 
84 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0359439  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  95.56 
 
 
83 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.115462  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  95.56 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0043  tRNA-Leu  95.56 
 
 
83 bp  73.8  0.000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.45142e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  95.56 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  95.56 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  95.56 
 
 
84 bp  73.8  0.000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0057  tRNA-Leu  95.56 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.311538  normal  0.840982 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  95.56 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  93.33 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  93.33 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  93.33 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  93.18 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0046  tRNA-Leu  93.18 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  93.18 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  93.18 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0027  tRNA-Leu  93.18 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000345665  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  93.18 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0054  tRNA-Leu  97.14 
 
 
82 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.292652 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0043  tRNA-Leu  92.68 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000643115  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0034  tRNA-Leu  92.68 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000115228  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0048  tRNA-Leu  92.68 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000131819 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0047  tRNA-Leu  92.68 
 
 
84 bp  58  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0024  tRNA-Leu  92.68 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0086  tRNA-Leu  91.11 
 
 
83 bp  58  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000003449  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0020  tRNA-Leu  92.68 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0117664  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0009  tRNA-Leu  90.91 
 
 
87 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0009  tRNA-Leu  90.91 
 
 
87 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  90.91 
 
 
85 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  94.29 
 
 
83 bp  54  0.000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5691  tRNA-Leu  94.29 
 
 
81 bp  54  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  94.29 
 
 
84 bp  54  0.000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000254003  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  94.29 
 
 
84 bp  54  0.000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108286  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0021  tRNA-Leu  94.29 
 
 
81 bp  54  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0114577  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-8  tRNA-Leu  94.29 
 
 
84 bp  54  0.000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0215  tRNA-Leu  94.29 
 
 
86 bp  54  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224426  normal 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  94.29 
 
 
84 bp  54  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000233591  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  94.29 
 
 
81 bp  54  0.000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000150176  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0059  tRNA-Leu  94.29 
 
 
82 bp  54  0.000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.408323  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0059  tRNA-Leu  94.29 
 
 
82 bp  54  0.000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0750  tRNA-Leu  94.29 
 
 
84 bp  54  0.000006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0101  tRNA-Leu  94.29 
 
 
81 bp  54  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000651871  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0140  tRNA-Leu  94.29 
 
 
81 bp  54  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000406181  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu02  tRNA-Leu  94.29 
 
 
85 bp  54  0.000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.453597  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2516  tRNA-Leu  94.29 
 
 
84 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00849706  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2526  tRNA-Leu  94.29 
 
 
84 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000137231  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2630  tRNA-Leu  94.29 
 
 
84 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2220  tRNA-Leu  94.29 
 
 
84 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000237155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2230  tRNA-Leu  94.29 
 
 
84 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000227331  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2316  tRNA-Leu  94.29 
 
 
84 bp  54  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0857  tRNA-Leu  94.29 
 
 
86 bp  54  0.000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000493478  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0098  tRNA-Leu  94.29 
 
 
86 bp  54  0.000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160817  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5729  tRNA-Leu  94.29 
 
 
86 bp  54  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000974817  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4574  tRNA-Leu  94.29 
 
 
86 bp  54  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000586853  normal  0.081406 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5636  tRNA-Leu  94.29 
 
 
86 bp  54  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.115457  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0782  tRNA-Leu  94.29 
 
 
86 bp  54  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.20057e-31 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0046  tRNA-Leu  92.11 
 
 
82 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt07  tRNA-Leu  94.12 
 
 
84 bp  52  0.00002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815997  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0039  tRNA-Leu  92.11 
 
 
87 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0033  tRNA-Leu  96.67 
 
 
85 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000656605  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    92.11 
 
 
85 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  92.11 
 
 
85 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  92.11 
 
 
81 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0830  tRNA-Leu  94.12 
 
 
84 bp  52  0.00002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0044  tRNA-Leu  92.11 
 
 
82 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  92.11 
 
 
85 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  92.11 
 
 
85 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  92.11 
 
 
85 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  92.11 
 
 
85 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0016  tRNA-Leu  94.12 
 
 
86 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.23668 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0018  tRNA-Leu  90.48 
 
 
84 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000485581  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309296  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0633499 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0046  tRNA-Leu  92.11 
 
 
82 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0004  tRNA-Leu  90.24 
 
 
81 bp  50.1  0.00009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00103905  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  91.89 
 
 
85 bp  50.1  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  91.89 
 
 
85 bp  50.1  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0031  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  96.55 
 
 
88 bp  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  90 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0307  tRNA-Leu  96.88 
 
 
88 bp  48.1  0.0003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna42  tRNA-Leu  96.43 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  96.43 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0027  tRNA-Leu  96.43 
 
 
83 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.130394  normal  0.143761 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  90 
 
 
82 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  89.74 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  89.74 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0072  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0023  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00937245  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0077  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0188158  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1024  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00686094  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1814  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0032  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000233164  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1796  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0107643  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>