55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0057 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0057  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.311538  normal  0.840982 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0045  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 84 bp  89.7  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0023  tRNA-Leu  97.78 
 
 		 84 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0359439  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0006  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 84 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0901728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0041  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000041426  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0032  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 83 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000109128  hitchhiker  0.00302249 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0047  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0005  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.570293  normal  0.011385 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0046  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0027  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000345665  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.115462  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0408  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0043  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.45142e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0020  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000445205  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0009  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0307  tRNA-Leu  95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0009  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309296  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0633499 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0052  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0129877  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt010  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0109013  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0054  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.292652 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0008  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0044  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000167859  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0032  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00166696  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0171  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.661922  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0027  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0022  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0559105  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1224  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0795794  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0036  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0031  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0033  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000656605  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0086  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000003449  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209696  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.316898  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0046  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  82.05 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.9705100000000005e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0049  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.16871  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu02  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.453597  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0044  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.152899 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0029  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000562682  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>