189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Leu-4 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.115462  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0032  tRNA-Leu  98.8 
 
 		 83 bp  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000109128  hitchhiker  0.00302249 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0043  tRNA-Leu  95.18 
 
 		 83 bp  133  6.999999999999999e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.45142e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0086  tRNA-Leu  91.57 
 
 		 83 bp  109  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000003449  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0005  tRNA-Leu  97.78 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.570293  normal  0.011385 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0044  tRNA-Leu  95.92 
 
 		 80 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000745541  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0045  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0009  tRNA-Leu  93.88 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0009  tRNA-Leu  93.88 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0041  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000041426  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0006  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0901728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0046  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0044  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0024  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0004  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 81 bp  67.9  0.0000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00103905  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0046  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0046  tRNA-Leu  91.84 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0023  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0359439  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0027  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000345665  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0027  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 83 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.130394  normal  0.143761 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 84 bp  60  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0057  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.311538  normal  0.840982 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0071  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.914369  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0043  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000643115  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0024  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000298281  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0034  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000115228  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0048  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000131819 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0020  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0117664  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5729  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000974817  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5691  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 81 bp  56  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0140  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 81 bp  56  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000406181  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0215  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5636  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.115457  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0021  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 81 bp  56  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0114577  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000254003  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108286  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0782  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.20057e-31 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-8  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000233591  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0054  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000628501  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0101  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 81 bp  56  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000651871  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 81 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000150176  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4574  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000586853  normal  0.081406 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2516  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00849706  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2526  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000137231  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2630  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2220  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000237155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2230  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000227331  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2316  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0026  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0047  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00091084  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0059  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0857  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000493478  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0098  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160817  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0059  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.408323  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0077  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0075  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000629352  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt07  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815997  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0830  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0679  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2790  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000401538  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2793  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000950853  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2796  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000297688  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0677  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2476  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00963424  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2479  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100128  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2482  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00028015  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0016  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000907276  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0044  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312452 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000637838  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0596776  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0018  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000485581  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0011  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2169  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00848562  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1577  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1612  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1859  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0029  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00602273  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0178  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0013  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000293316  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0057  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0013  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000427747  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0057  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.583439  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0005  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.202243  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0022  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000621595  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0036  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0023  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0033  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000656605  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>