299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0034 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna42  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  96.83 
 
 		 85 bp  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41320  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 82 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73657  normal  0.390973 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  95.6  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3504  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  92.42 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  92.42 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0006  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 84 bp  89.7  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0901728  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0043  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 83 bp  89.7  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.45142e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60230  tRNA-Leu  92.19 
 
 		 82 bp  87.7  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    90.91 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  91.94 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R53  tRNA-Leu  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9371 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0045  tRNA-Leu  95.83 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 87 bp  79.8  0.00000000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  94.23 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 82 bp  79.8  0.00000000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0069  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202771  hitchhiker  0.000000827914 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0047  tRNA-Leu  94 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0158723 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0054  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.292652 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu02  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.453597  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0331  tRNA-Leu  94 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000146268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0086  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 83 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000003449  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4256  tRNA-Leu  94 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0029  tRNA-Leu  94 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000561598  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0041  tRNA-Leu  95.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000041426  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0057  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.311538  normal  0.840982 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna144  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0037  tRNA-Leu  89.06 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21797  normal  0.0832006 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna146  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0039  tRNA-Leu  89.06 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.368891  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna151  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000109594  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna136  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000736232  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna140  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna148  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna142  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000867918  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna138  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000894739  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0064  tRNA-Leu  89.06 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0032  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 83 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000109128  hitchhiker  0.00302249 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 81 bp  67.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01242  tRNA-Leu  91.84 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0027  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.319265  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01239  tRNA-Leu  91.84 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01233  tRNA-Leu  91.84 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0024  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01237  tRNA-Leu  91.84 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0041  tRNA-Leu  88.52 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0554879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 81 bp  65.9  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0023  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0359439  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0005  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.570293  normal  0.011385 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t52  tRNA-Leu  95 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.329875  normal  0.0339044 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0042  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.13474 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna149  tRNA-Leu  85 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0065  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0057  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.811413  hitchhiker  0.000421816 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0065  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.401468  normal  0.0428865 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01236  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0025  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330204  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0038  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0062  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.8923600000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0691  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0075  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000116589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0024  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0784  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000606436  normal  0.448527 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>