200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_R53 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_R53  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9371 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60230  tRNA-Leu  98.78 
 
 		 82 bp  155  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3504  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41320  tRNA-Leu  93.9 
 
 		 82 bp  123  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73657  normal  0.390973 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0042  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.13474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0057  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.811413  hitchhiker  0.000421816 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0065  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.401468  normal  0.0428865 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  95.52 
 
 		 85 bp  109  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t52  tRNA-Leu  91.46 
 
 		 82 bp  107  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.329875  normal  0.0339044 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  101  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1770  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000135684  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1774  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000900033  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1776  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000114198  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 84 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0041  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.264208 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1765  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000020879  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 81 bp  67.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna144  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna151  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000109594  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna138  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000894739  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna146  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0068  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000622539  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna136  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000736232  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna142  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000867918  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna148  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna140  tRNA-Leu  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0037  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21797  normal  0.0832006 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0039  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.368891  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0038  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00398477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0039  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00836126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu02  tRNA-Leu  84.34 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.453597  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0028  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01233  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01237  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01239  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01242  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0050  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna149  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0032  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0006  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0901728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0029  tRNA-Leu  86.44 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000561598  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0047  tRNA-Leu  86.44 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0158723 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0331  tRNA-Leu  86.44 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000146268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4256  tRNA-Leu  86.44 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.0000965884  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3146t  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000598983  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  83.78 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  83.78 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0146  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000070771  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t019  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0007  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.592692  normal  0.555862 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0045  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t014  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000624241  hitchhiker  0.000000000488126 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.451467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3153t  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000997462  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.10172  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0037  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000519454  normal  0.148568 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3148t  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0038  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000710628  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3150t  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0039  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000435375  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00313005  normal  0.455942 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0036  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000195889  normal  0.0261952 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0118  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.233228  hitchhiker  0.00000366381 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3144t  tRNA-Leu  82.93 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0115  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000122421  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01236  tRNA-Leu  85.48 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>