246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0030 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.10172  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0040  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00277853 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0007  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 82 bp  83.8  0.000000000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0046  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 82 bp  83.8  0.000000000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.592692  normal  0.555862 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309291  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 82 bp  83.8  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.932316 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0048  tRNA-Leu  87.8 
 
 		 82 bp  83.8  0.000000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.451467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0026  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.46023  hitchhiker  0.0000702886 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0046  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00313005  normal  0.455942 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0022  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0024  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.622642  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0032  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0034  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 81 bp  67.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.874898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0030  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 81 bp  67.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0013  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356176  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0041  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000226044  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0046  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0160  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0258592  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0052  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3446  tRNA-Leu  86.05 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0022  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0004  tRNA-Leu  84.88 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00803834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0016  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.730547 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309361  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0092  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000144621  hitchhiker  0.00311227 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0047  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137479 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0022  tRNA-Leu  83.53 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.17393  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t72  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0449352  hitchhiker  0.00732029 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t021  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t57  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205972  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0095  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA64  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.775663 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0097  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R18  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104316  normal  0.0469264 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0118  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.233228  hitchhiker  0.00000366381 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0004  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0990268 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0039  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000274538  hitchhiker  0.00010396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0040  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000655039  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0038  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00110731  hitchhiker  0.0000326076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0126  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000177569  hitchhiker  0.000589421 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0035  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.114161  normal  0.133958 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0146  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000070771  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0839  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1805  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0028  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.179122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2360  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1064  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0016  tRNA-Leu  87.27 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000443572  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0098  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000435377  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1149  tRNA-Leu  83.54 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.416978  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.806101  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60230  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt42  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt42  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0003  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 81 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0687845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R53  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9371 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0031  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.9705100000000005e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0032  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209696  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0048  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.496608  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0001  tRNA-Leu  84.15 
 
 		 81 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0041  tRNA-Leu  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.135898  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0026  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000397125  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1619  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0724475  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t093  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0105  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000142403  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000052132  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0022  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0031  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0122  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000473175  decreased coverage  0.0000892077 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t102  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000565255  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0018  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000477494  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0126  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553004  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0544  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0028  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.249535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0047  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000230626  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0113  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000302101  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0123  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t016  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000211867  unclonable  0.00000000000316935 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000758461  normal  0.0236539 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0010  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410025  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3470  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00513731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0012  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313153 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0003  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0051  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00811518  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  86.54 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0033  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0352979  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3660  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0342114  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0001  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224003 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4701  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000616666  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>