More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_R0107 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0123  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  91.7  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0122  tRNA-Leu  97.83 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000181545  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  100 
 
 		 98 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t093  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA2  tRNA-Leu  92.59 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.839683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0018  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000477494  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0095  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000279268  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0126  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553004  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0019  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000052132  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0037  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000758461  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t102  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000565255  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0114  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000507523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0053  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406818  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0031  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000068537  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t092  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0007  tRNA-Leu  87.01 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0046  tRNA-Leu  87.01 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.592692  normal  0.555862 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0012  tRNA-Leu  90.74 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.145187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  90.74 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0109  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  90.74 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0020  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000559714  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0019  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000288253  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0116  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000605534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309291  tRNA-Leu  87.01 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.932316 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0018  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0174601  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  93.88 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t101  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000108227  normal  0.0525224 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0031  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.9705100000000005e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0032  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209696  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0022  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0022  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0032  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309361  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00069  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000211563  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000096251  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0081  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0210398  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000584186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000390676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000052486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0030  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4876  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000008654  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4967  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000670615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0048  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.451467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000511296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000856484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000704733  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0527  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000711336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62800  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5466  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138574  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000230562  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5234  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000900844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0044  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0171508  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>