299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0003 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_R0012  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.145187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA2  tRNA-Leu  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.839683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0082  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367959  normal  0.245583 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  89.7  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0072  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0001  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0068  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0006  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.26401 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0071  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193194  normal  0.106914 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0099  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000201968 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0081  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491812  normal  0.178181 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  86.25 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0019  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0003  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.14318  hitchhiker  0.000405393 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna19  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.320912  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0002  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217421  hitchhiker  0.000407536 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0035  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0610176  normal  0.497384 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  90.74 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0023  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna27  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0030  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0022  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.964381  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00085  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0081  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0210398  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000230562  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0095  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0436868  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000511296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4728  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212107  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000096251  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5114  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000153961  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0028  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4916  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000645766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4321  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000341532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000390676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000856484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0044  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0171508  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0005  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000329783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4967  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000670615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0095  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000279268  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4957  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0016  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00811405  normal  0.0178437 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4962  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000175711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4910  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00037453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0527  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000711336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000704733  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4201  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21132e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000584186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000052486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4807  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000360062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4875  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000898834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000625029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5882  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.119438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5234  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000900844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4968  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000650666  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>