More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_R0099 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0081  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491812  normal  0.178181 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0099  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000201968 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0082  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367959  normal  0.245583 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0002  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217421  hitchhiker  0.000407536 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0003  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.14318  hitchhiker  0.000405393 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0026  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 86 bp  109  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.794805  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0001  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0068  tRNA-Leu  97.78 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0006  tRNA-Leu  97.78 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.26401 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0071  tRNA-Leu  97.78 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193194  normal  0.106914 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0072  tRNA-Leu  97.78 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t58  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.544778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t59  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.523446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA2  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA3  tRNA-Leu  97.73 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0003  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.804113 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0012  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.145187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0019  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0026  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0025  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0037  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.583149  normal  0.146154 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0038  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360445  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0050  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572114 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0033  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0594182 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0034  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0585247 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0013  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R11  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5666  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA2  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.839683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5665  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1053  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.161017  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309360  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0042  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0078  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.914588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0048  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.547841 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0064  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169248 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0079  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.966299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0017  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0024  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02877  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000533754  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03726  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0825956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0072  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0073  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0024  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0059  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.418703 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0037  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.17135  normal  0.776036 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0077  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.941886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0076  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737133  normal  0.92014 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60600  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60590  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0021  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0042  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.574656  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65210  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65220  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1054  hypothetical protein  87.5 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169322  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0044  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.143319  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt51  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0031  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 83 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0308753  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0043  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0035  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0610176  normal  0.497384 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0007  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0064  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0044  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00713145  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0033  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0045  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0249109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0045  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0150342  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0041  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0042  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00146649  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0043  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00579317  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0006  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0789376  normal  0.851363 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNALeuVIMSS1309184  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 83 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>