More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_R0001 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0001  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0019  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0017  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0078  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.914588  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02877  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000533754  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03726  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0825956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0037  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.17135  normal  0.776036 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0079  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.966299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0059  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.418703 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0048  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.547841 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0076  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737133  normal  0.92014 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0021  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0064  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169248 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0077  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.941886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0050  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572114 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0025  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0024  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0026  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0024  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0037  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.583149  normal  0.146154 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0038  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360445  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0033  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0594182 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0034  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0585247 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0013  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0003  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.14318  hitchhiker  0.000405393 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0002  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217421  hitchhiker  0.000407536 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0073  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0027  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  103  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0072  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1814  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0142  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0162702  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0058  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.031722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1796  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0107643  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1968  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2521  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000206835  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0032  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000233164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0043  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0955991  normal  0.0560674 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1024  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00686094  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0041  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.603186  normal  0.0670034 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0042  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00515288  normal  0.0896861 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0017  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.192855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0044  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00489579  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1753  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA2  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.839683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0072  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0006  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.26401 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0071  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193194  normal  0.106914 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0068  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0042  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.574656  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0044  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00713145  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0045  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0249109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0023  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00937245  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0077  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  89.16 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0057  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0045  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0150342  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0081  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491812  normal  0.178181 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0043  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0012  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.145187 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0044  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.143319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0099  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000201968 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0025  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0680936  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0028  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0191582  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0029  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00220383  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0030  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00192839  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0043  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.002346  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0045  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481349  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0041  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0042  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00146649  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0043  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00579317  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0043  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00336489  normal  0.0463602 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0082  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367959  normal  0.245583 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  97.83 
 
 		 84 bp  83.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  97.83 
 
 		 84 bp  83.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0051  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 84 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000888669  normal  0.130057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0052  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 84 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000145228  normal  0.134982 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0053  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 84 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000187871  normal  0.436888 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA39  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.220768 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1797  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  79.8  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0101943  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5665  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 89 bp  79.8  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0035  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  79.8  0.00000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0610176  normal  0.497384 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna19  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  79.8  0.00000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.320912  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5666  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 89 bp  79.8  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  79.8  0.00000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 87 bp  79.8  0.00000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>