More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_tRNA39 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_tRNA39  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.220768 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0035  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0031  tRNA-Leu  96.47 
 
 		 85 bp  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362907  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0047  tRNA-Leu  96.47 
 
 		 85 bp  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.279454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0052  tRNA-Leu  96.47 
 
 		 85 bp  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.888943  normal  0.34403 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0035  tRNA-Leu  96.47 
 
 		 85 bp  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0032    92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.333089  normal  0.311216 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0019  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0001  tRNA-Leu  90.77 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0010  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0038  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.986583  normal  0.610194 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA2  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.839683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0012  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.145187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0098  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000435377  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0030  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0039  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.419334  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t19  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t20  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.178087  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t016  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000211867  unclonable  0.00000000000316935 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1044  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.255738  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4338  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162299  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0113  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000302101  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0122  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000473175  decreased coverage  0.0000892077 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4568  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.666254  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0047  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.899585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0052  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0019  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0000161496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0014  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0110996  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0041  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000226044  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0034  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.566958 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0645  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.282647  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6043  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.768445  normal  0.843688 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0030  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.299812  normal  0.066505 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0037  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.477957  normal  0.0356548 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0013  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0105  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000142403  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0009  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.553252  normal  0.0230597 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna35  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45897  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0072  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0073  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0018  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0058  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0070  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.187893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0036  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.247967  decreased coverage  0.00943738 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0018  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0074  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0046  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.836815 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.483727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0544  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5466  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138574  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0007  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.866395  normal  0.129572 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t021  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt025  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000274648  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0069  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365522  normal  0.0296897 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0740  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0065  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60360  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0045  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1413  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.192741 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0039  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000274538  hitchhiker  0.00010396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0040  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000655039  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0026  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00329777  normal  0.13088 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62800  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0046  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00313005  normal  0.455942 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0038  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00110731  hitchhiker  0.0000326076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0035  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.114161  normal  0.133958 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0070  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.128359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0066  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.421355 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0008  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56031  normal  0.0314068 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1619  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0724475  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0051  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00811518  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  82.5 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0012  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313153 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>