More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amuc_R0035 on replicon NC_010655
Organism: Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010655  Amuc_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.986583  normal  0.610194 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  91.18 
 
 
87 bp  87.7  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0066  tRNA-Leu  87.95 
 
 
87 bp  85.7  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.557427  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0064  tRNA-Leu  89.71 
 
 
87 bp  79.8  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 
84 bp  79.8  0.0000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000063325  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0006  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  79.8  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0789376  normal  0.851363 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  89.71 
 
 
87 bp  79.8  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0033  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000305297  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  77.8  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.444964  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0058  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000819667  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 
84 bp  77.8  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000676753  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 
84 bp  77.8  0.0000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.045624  normal  0.187566 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0033  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0013  tRNA-Leu  92.59 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338637  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0072  tRNA-Leu  92.59 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0036  tRNA-Leu  95.65 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0029  tRNA-Leu  92.59 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  97.56 
 
 
81 bp  73.8  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  97.56 
 
 
81 bp  73.8  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  88.24 
 
 
98 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  88.24 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  88.24 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  88.24 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0019  tRNA-Leu  97.5 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0357055  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09040  tRNA-Leu  86.59 
 
 
85 bp  69.9  0.00000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00190056  normal  0.352495 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0015  tRNA-Leu  97.44 
 
 
82 bp  69.9  0.00000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0181398  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0054  tRNA-Leu  97.44 
 
 
88 bp  69.9  0.00000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0042  tRNA-Leu  97.44 
 
 
82 bp  69.9  0.00000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105612  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0050  tRNA-Leu  97.44 
 
 
82 bp  69.9  0.00000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.167619  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0057  tRNA-Leu  95.24 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0404485  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0070  tRNA-Leu  97.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.436303  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0073  tRNA-Leu  97.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.218287  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0094  tRNA-Leu  97.37 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0022  tRNA-Leu  95.12 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0031  tRNA-Leu  95.12 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0003  tRNA-Leu  95.12 
 
 
84 bp  65.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  93.33 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0026  tRNA-Leu  95 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000243318 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0055  tRNA-Leu  95 
 
 
82 bp  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.143811  hitchhiker  0.0000015114 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0020  tRNA-Leu  95 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0381951  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  95 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  95 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  95 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  95 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  95 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1890  tRNA-Leu  95 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1580  tRNA-Leu  95 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1615  tRNA-Leu  95 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.622416 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0017  tRNA-Leu  95 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0022  tRNA-Leu  95 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  94.87 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.0000012405  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  94.87 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0002  tRNA-Leu  94.87 
 
 
82 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.318863  normal  0.56109 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11710  tRNA-Leu  85.37 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.35262 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0750  tRNA-Leu  93.02 
 
 
84 bp  61.9  0.00000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  94.87 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  94.87 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  94.87 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  94.87 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0004  tRNA-Leu  94.87 
 
 
82 bp  61.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.446366  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309257  tRNA-Leu  94.87 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0022  tRNA-Leu  92.86 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000969844  normal  0.805987 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0039  tRNA-Leu  92.86 
 
 
87 bp  60  0.00000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0026  tRNA-Leu  90 
 
 
87 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.7809  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0068  tRNA-Leu  90 
 
 
87 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0095  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0436868  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5114  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000153961  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0028  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  92.68 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0032    100 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.333089  normal  0.311216 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    92.68 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  96.97 
 
 
89 bp  58  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4201  tRNA-Leu  96.97 
 
 
89 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21132e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0034  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.956529  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  96.97 
 
 
89 bp  58  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  92.68 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.279454  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  96.97 
 
 
89 bp  58  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.888943  normal  0.34403 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4916  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000645766  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  92.68 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA39  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.220768 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4274  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4273  tRNA-Leu  96.97 
 
 
89 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.901226  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  96.97 
 
 
89 bp  58  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4272  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.645936  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4728  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212107  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  96.97 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0005  tRNA-Leu  92.68 
 
 
84 bp  58  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>