48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1413 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1413  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.192741 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0039  tRNA-Leu  95.52 
 
 		 86 bp  109  1e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0038  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00250  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 83 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.427381  normal  0.701235 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14003  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0002  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.867688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0003  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.98053 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0003  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0003  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.012184 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0003  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.123748  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0035  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0035  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0004  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.889028 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0052  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.888943  normal  0.34403 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0003  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0047  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.279454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0031  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362907  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0032    93.02 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.333089  normal  0.311216 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0003  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.589576  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0003  tRNA-Leu  84.29 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA39  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.220768 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0001  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  85.25 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0007  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    92.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0012  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.145187 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0151  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t016  tRNA-Leu  85 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000211867  unclonable  0.00000000000316935 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0105  tRNA-Leu  85 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000142403  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0122  tRNA-Leu  85 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000473175  decreased coverage  0.0000892077 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0113  tRNA-Leu  85 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000302101  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA2  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.839683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0020  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.191 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0050  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.840462  normal  0.934802 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.425813  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.549944  normal  0.0458093 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0012  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.594813  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1379  tRNA-Leu  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.107567 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>