130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_R0004 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010424  Daud_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0005  tRNA-Arg  95.77 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000297571  hitchhiker  0.000000952712 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0010  tRNA-Arg  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  95.38 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0010  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.410032  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0013  tRNA-Arg  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0697011  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  92.45 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0018  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000291564  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0049  tRNA-Arg  92.45 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00163876  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  92.45 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0033  tRNA-Arg  88.06 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0033  tRNA-Arg  88.06 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335539  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  86.3 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  86.3 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  86.11 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  86.11 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0011  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.966891  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  89.83 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0057  tRNA-Arg  86.49 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.194543  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  95.24 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt025  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  56  0.000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000274648  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0740  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  56  0.000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  93.18 
 
 
76 bp  56  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0004  tRNA-Arg  90.7 
 
 
79 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0200827  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0026  tRNA-Arg  86.44 
 
 
74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.335207  hitchhiker  0.00751265 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  96.77 
 
 
77 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000378947  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  89.13 
 
 
77 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  89.13 
 
 
76 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  89.13 
 
 
73 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  85.14 
 
 
76 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  89.13 
 
 
76 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  91.89 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0016  tRNA-Arg  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000000601684  hitchhiker  0.000695383 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  91.89 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  91.89 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  91.89 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0061  tRNA-Arg  86.89 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000000631723  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna53  tRNA-Arg  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  96.55 
 
 
79 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0016  tRNA-Arg  87.72 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101218  hitchhiker  0.00000369397 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  92.5 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0483173  normal  0.730879 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000109106  hitchhiker  0.000000979615 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0009  tRNA-Arg  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122464  normal  0.0281964 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0031  tRNA-Leu  96.43 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362907  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0008  tRNA-Arg  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0047  tRNA-Leu  96.43 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.279454  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0006  tRNA-Arg  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.649743 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0052  tRNA-Leu  96.43 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.888943  normal  0.34403 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0035  tRNA-Leu  96.43 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0037  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0565757  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000119061  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0033  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.404585  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA39  tRNA-Leu  96.43 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.220768 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0035  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170326  normal  0.471041 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  92.5 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0003  tRNA-Arg  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  86.54 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.178807 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  86.54 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0008  tRNA-Arg  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0035  tRNA-Leu  96.43 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0035  tRNA-Met  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.481386  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  87.23 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  84.13 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  84.51 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0028  tRNA-Arg  92.31 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  86.27 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0077  tRNA-Arg  84.51 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.437755 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  86.27 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>