More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_R0026 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00329777  normal  0.13088 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0074  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0058  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0066  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.421355 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0045  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0070  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.128359 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0069  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365522  normal  0.0296897 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0016  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0033  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.37116 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0063  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.294386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0055  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.924042  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0045  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259532  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0035  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  87.88 
 
 		 98 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0185  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00085  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0081  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0210398  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0012  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.594813  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4728  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212107  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0030  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4876  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000008654  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0095  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0436868  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000511296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4962  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000175711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000584186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0034  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.956529  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000704733  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000230562  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0035  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761901  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4957  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0036  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777471  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0527  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000711336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4967  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000670615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4968  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000650666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000856484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000625029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4910  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00037453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000390676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0030  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0290157  normal  0.678466 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4807  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000360062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000052486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4916  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000645766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0027  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000096251  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0016  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00811405  normal  0.0178437 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0017  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00783085  normal  0.0179625 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0018  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0174601  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0095  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000279268  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1764  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000024558  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1768  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000175454  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1772  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4321  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000341532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5882  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.119438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0028  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0027  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.787126 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0841  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4201  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21132e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4272  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.645936  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4273  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.901226  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4274  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5114  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000153961  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>