283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_R0009 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_4338  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162299  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.477957  normal  0.0356548 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0009  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.553252  normal  0.0230597 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0013  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6043  tRNA-Leu  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.768445  normal  0.843688 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0034  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.566958 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1044  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  143  8e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.255738  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4568  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  143  8e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.666254  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0030  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  143  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.299812  normal  0.066505 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0030  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  143  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0014  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  143  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0110996  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0019  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  143  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0000161496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0039  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  143  8e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.419334  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0047  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  143  8e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.899585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0645  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  143  8e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.282647  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t19  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 82 bp  137  5e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t20  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 82 bp  137  5e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.178087  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0009  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0037  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0010  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 87 bp  113  7.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0036  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.247967  decreased coverage  0.00943738 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0002  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.164011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0035  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0041  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0160  tRNA-Leu  95.74 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0258592  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0004  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.549944  normal  0.0458093 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0036  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0046  tRNA-Leu  86.49 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0851  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1454  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0098  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000435377  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0003  tRNA-Leu  84.62 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0122  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000473175  decreased coverage  0.0000892077 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t016  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000211867  unclonable  0.00000000000316935 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.129174  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA39  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.220768 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0041  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000226044  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309179  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.227033  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0113  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000302101  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309087  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309138  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0105  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000142403  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0029  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 84 bp  54  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0014  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  0.6782 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0032    94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.333089  normal  0.311216 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0031  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362907  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0047  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.279454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0052  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.888943  normal  0.34403 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0035  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0035  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1519  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000428065  normal  0.832242 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t021  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0002  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0039  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000274538  hitchhiker  0.00010396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0040  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000655039  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0038  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00110731  hitchhiker  0.0000326076 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309143  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0035  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.114161  normal  0.133958 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00711  hypothetical protein  96.55 
 
 		 1389 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0271557  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309067  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.086825  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309118  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.253847  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0058  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.986583  normal  0.610194 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0750  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1764  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000024558  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0074  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0066  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.557427  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1772  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1768  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000175454  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309345  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.419344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0836194  normal  0.282288 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0055  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00000273568  normal  0.583061 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1053  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.161017  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1054  hypothetical protein  100 
 
 		 114 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169322  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>