More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_R0058 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_R0074  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0058  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0026  tRNA-Leu  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00329777  normal  0.13088 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0069  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365522  normal  0.0296897 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0066  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.421355 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0070  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.128359 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0045  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0016  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  92.96 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  79.8  0.00000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0063  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.294386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0055  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.924042  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0066  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.557427  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0033  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.37116 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0045  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259532  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0035  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248446  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  90 
 
 		 98 bp  67.9  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0750  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0041  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00085  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5114  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000153961  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000390676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000052486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4916  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000645766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4957  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0019  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0000161496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000096251  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000511296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4728  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212107  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna19  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.320912  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0028  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4273  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.901226  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0034  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.956529  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4875  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000898834  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0039  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.419334  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0012  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.594813  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0027  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.787126 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0035  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0610176  normal  0.497384 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1044  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.255738  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000704733  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000584186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0050  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000589808  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0029  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.322054 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0005  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000329783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1772  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0027  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0030  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0030  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0290157  normal  0.678466 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0841  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4201  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21132e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0035  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761901  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0047  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.899585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4962  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000175711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0044  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0171508  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0095  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0436868  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0036  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777471  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000230562  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0016  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00811405  normal  0.0178437 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0017  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00783085  normal  0.0179625 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0018  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0174601  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0095  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000279268  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1764  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000024558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>